通勤手当を一律5,000円支給しています。これでいいですか？

通勤手当の一律支給するのはよくありません。給与の高い会社は貴社のような対応をしていることをたまに拝見することがあります

通勤手当は経済合理性を最優先で考え、その実費を支給すべきです。

非課税限度内の通勤手当には所得税・住民税の負担が減り、従業員さんの手取りも増えます。

また、会社は通勤手当を消費税の課税仕入控除として消費税削減効果もあります。

以前、通勤手当を全く支給していない会社がありました。社員５０人の会社でしたが、所定内賃金を調整（減額）することを前提に、通勤手当を実費で支給することにしました。社員５０人の手取りの総額が５０人で年間５０万円ほど増えました。また、消費税も３０万円ほど削減になった記憶があります。消費税は８％、１０％になったらもっと削減効果があるでしょう。